Автоматические системы по расчету пока еще очень далеки от идеала, даже своих прямых целей – расчета налогов и взносов. 
Причиной этому является тот факт, что система принимает решения основываясь на входящих данных документов (которые зачастую создаются людьми вручную) и обрабатывая их проводит через некий алгоритм действий, который пишется программистами по шаблону, предоставленному им бухгалтерами или налоговыми консультантами. 
Данные алгоритмы зачастую не могут принять верные решения по тем ситуациям, которые выходят за их пределы (хотя зачастую ситуации довольно типичные) и не могут корректно оценить ту или иную, проведенную через расчетный счет, операцию и соотнести её с налоговым кодексом и прочим Российским законодательством.
Кроме того, банковские онлайн-сервисы не несут НИКАКОЙ ответственности за произведенные ими расчеты и оплаты и в случае ошибки с их стороны Вам самим придется разбираться с налоговой инспекцией и нести ответственность в т.ч. материальную в соответствии с законодательством.

• Бесплатный или условно бесплатный для клиента
• Можно сдать декларацию удаленно без посещения налоговой (1 раз в год) * 

*опционально в некоторых банках

• считает за доход то, что им не является (внесение собственных средств ИП на счет, возврат денег поставщиком, возврат денег обратно на счет из-за ошибки в реквизитах). Результат – переплата налога.
• Не учитывает приход наличными – если деньги не вносились на счет. (результат недоплата налогов, неверная декларация, штрафы и доплата налогов).
• Не учитывает прочие виды дохода, не связанные с поступлением средств на счет (бартер, договор дарения и прочие). (результат недоплата налогов, неверная декларация, штрафы и доплата налогов).
• Не зачитывает оплату налогов или взносов, если ИП платил со счета физ.лица или по квитанции банка или если налоговая сама взыскала данную сумму со счета физ.лица (или ИП) или через судебных приставов. (результат – переплата налогов и взносов).
• Не зачитывает доходы и оплату налогов и взносов с начала года, если вы начали деятельность в другом банке и/или у вас есть еще один счет в другом банке.Н
• Не может разделить доходы, которые поступили по видам деятельности по которым ИП приобрел патент и доходы по УСН 6%.
• Не экономит ваши деньги:

    - Не оптимизирует налогообложение - за счет оплаты взносов в текущем периоде можно снизить сумму налога на эту же сумму в этом же периоде. А иногда имеет смысл перенести часть взносов на следующий год, заплатить 50 рублей пени и сэкономить несколько тысяч рублей. Итог - переплата налога и взносов.
    - Не помогает оптимизировать налогообложение за счет использования льготных режимов налогообложения (патент, налоговые каникулы, особенности местного законодательства).

• Не формирует все необходимые отчеты и документы:
• Не формирует КУДИР (Книгу учета доходов и расходов), обязательную к ведению, т.к. на ней должна основываться Ваша налоговая декларация.
• Не проверяет нужно ли сдавать статистическую отчетность, не формирует и не позволяет её сдать (штраф 10000-20000)
• Некоторые сервисы не формируют даже налоговую декларацию.
• Не несет ответственность (и не исправляет свои же ошибки)
• Не отвечает за правильность поданной декларации
• Не отвечает за правильность уплаченных налогов
• Не делает сверку с налоговой
• Если что-то сделано неправильно – не исправляет это.
• Не решает возникающих проблем с налоговой и не отвечает на запросы налоговой к ИП, то есть по факту никак не помогает бизнесу
• Не решает (разумеется!) проблем с самим банком – в т.ч. блокировки счета по 115-ФЗ, в результате которой Вы можете потерять до 20% от суммы остатка на счете, если банк решит отказать Вам в обслуживании.
• Не обучает профилактическим мерам по работе с банком и налоговой инспекцией.
• Не подскажет – если Вы что-то делаете не так.
• Не консультирует по вопросам ведения ИП:

    - как взаимодействовать с клиентами физ.лицами, какие нужны документы
    - как взаимодействовать с клиентами юр.лицами, какие нужны документы
    - как взаимодействовать с банком, чтобы не заблокировали счет
    - как принимать наличные деньги и нужен ли кассовый аппарат

• Не поможет, при необходимости, с закрытием ИП - всю работу по взаиморасчетам с налоговой, подготовке и подаче ликвидационной декларации, финальной оплаты взносов и налога придется делать самому.